У період окупації Києва німецькими військами Бабин Яр був місцем масових страт і поховань, величезною братською могилою, де тільки згідно з офіційними даними загинуло понад сто тисяч осіб — військовополонених, євреїв, циган, комуністів, підпільників, моряків Дніпровського загону Пінської військової флотилії, партизанів, націоналістів, заручників... Всіх, хто вважався «ворогом Третього рейху».
У літопису глобальної єврейської Катастрофи саме з Бабиним Яром пов'язують початок Голокосту в Європі, хоча насправді хвиля розстрілів котилася до Києва від самого кордону — Львів, Бердичів, Кам'янець-Подільський, Житомир... Якщо в країнах Європи, що були завойовані, на початку Другої світової війни фашисти влаштовували єврейські квартали — гетто — для поступового знищення їхніх жителів, то на радянській території євреїв масово розстрілювали спеціально створені для цього айнзацгрупи. Вбивство безневинних людей тільки за те, що вони належать до тієї чи іншої нації, стало одним з найстрашніших і найкривавіших злочинів нацизму. І вперше радикальний метод «вирішення єврейського питання» був випробуваний у Києві. Чверть жителів міста на момент початку війни становили євреї. За переписом населення 1939 р. у Києві проживало 846,7 тисячі жителів, зокрема українців — 53,2%, євреїв - 25,5%, росіян - 16,5%.
Акцію знищення єврейського населення організували блискавично й фундаментально. 26 вересня 1941 р. відбулася нарада, на якій розглянули заходи щодо ліквідації єврейського населення міста. Визначили місце розстрілу — Бабин Яр, один з найбільших на території Києва ярів (завдовжки — 2,5 км, завглибшки — від 10 до 50 метрів), де можна було б заховатити тисячі трупів. До Бабиного Яру існували зручні підходи, поряд — залізнична станція Лук'янівка-товарна, що давало змогу створити враження у приречених переїзду на нове місце проживання. Був розроблений маршрут, визначено місце збору осіб єврейської національності, надруковано у друкарні 6-ї німецької армії і розклеєно по всьому місту понад 2 тисячі оголошень російською, українською і німецькою мовами з наказом про збір всього єврейського населення 29 вересня 1941 року на розі вулиць Мельникова і Дехтярівської. Для проведення операції виділили й виконавців розстрілів, забезпечених зброєю та боєприпасами. Надійно оточили великий район, що прилягав до Бабиного Яру, аби в місті не довідалися про страти. Були вжиті необхідні заходи для забезпечення транспортом і достатньою кількістю людей, які б зібрали, пересортували й вивезли цінності, гроші, речі, продукти. Підібрано місця їх збереження і забезпечено охорону. Містом поширили дезінформацію — поповзли чутки про переселення євреїв. Був вигаданий і привід: це вибухи й пожежі в центрі міста, від яких постраждало три кілометри найкрасивіших вулиць (940 будинків), зокрема й увесь Хрещатик.
Не було б вибухів і пожеж, привід для винищення київських євреїв знайшовся б інший, їхня доля вирішувалася самою програмою нацистського «ендльозунга» (остаточного вирішення єврейського питання). Айнзацкоманди і зондеркоманди накази по знищенню «ворогів Рейху» отримували усно. Для проведення операції була виділена айнзацкоманда 4-а під командуванням штандартенфюрера СС Пауля Блобеля (за вироком міжнародного трибуналу у м. Нюрнберзі його як воєнного злочинця страчено у в'язниці Ландсберг у 1951 р.), посилена 45-м (під командуванням майора поліції Бессера), 303-м (під командуванням ма¬йора поліції Ганібала) поліцейськими батальйонами і загоном української допоміжної поліції. Майор поліції Ганібал відмовився виконувати цей на¬каз, і його батальйон використовувався тільки для внутрішнього та зовнішнього оточення, а також для посиленого патрулювання у місті. Відмовився брати участь у розстрілах командир доданої оперативній групі «Ц» роти військ СС оберштурмфюрер СС Графхорсг, тож його рота несла охоронну службу в місті, а наприкінці жовтня 1941-го переведена в дивізію СС «Вікінг».
Вранці 29 вересня тисячі євреїв прийшли до зазначеного в наказі місця. До настання темряви німці встигли розстріляти лише дві третини з тих, хто прийшов, майже 22 тисячі. Інших приречених загнали на ніч у порожні гаражі на вул. Лагерній (нині вул. Дорогожицька), а розстріляли наступного дня. Потім німецькі сапери підірвали схили яру, аби засипати тіла і змусили військовополонених вирівняти дно яру. Зі свідчень на Київському процесі М. Соколова, учасника засипання трупів у Бабиному Яру: «В октябре месяце 1941 г. с группой военнопленных 300 человек, под конвоєм немецкой полиции я был доставлен в Сырец — Бабий Яр, для погребения трупов расстрелянных советских граждан. К моменту нашего прибытия трупы расстрелянных в Бабьем Яру уже сверху были засыпаны землей, нас только заставили подравнять яму наравне с поверхностью грунта».
Речі розстріляних зібрали й відвезли на склад на вул. Некрасівській, 4, у, приміщення школи №38 (нині школа №106).
За два дні — 29 і ЗО вересня 1941 р. — розстріляно понад ЗО тисяч мирних жителів Києва, переважно євреїв, про що керівництво айнзацкоманди доповіло Берліну. Зі звіту №6 про обставини й діяльність айнзацгруп поліції безпеки на території СРСР за період з 1 по ЗО жовтня 1941 р.: «Озлобление украинского населення против евреев чрезвычайно велико, так как их считают виновными в организации взрывов в Києве. В них также видят доносчиков и агентов НКВД, которые вызвали террор в отношении украинского народа. В качестве ответных мер за поджоги в Києве были арестованы все евреи, и 29 и ЗО сентября казнено в общей сложности 33771 человек. Золото, ценные вещи и одежда конфискованы и переданы в распоряжение национал-социалистической организации для обеспечения «фольксдойче», а также частично коммунистическому (так в документі, правильно «комунальному») городскому самоуп-равлению для передачи нуждающемуся населению».
Тоді ж, починаючи з 28 вересня 1941 р., розстріляли майже три тисячі військовополонених і цивільних осіб єврейської національності, які, за словами колишнього в'язня Л. Островського, знаходилися в спеціальному відділенні при таборі для військовополонених на вул. Керосинній (нині вул. Шолуденка): «В лагере по ул. Керосинной я пробыл около 8 дней, сначала находился вместе с военнопленными разных национальностей (украинцы, русские и другие — всего около 8000 человек), а через два дня переведен в отделение этого же лагеря, в котором находилось около 3000 военнопленных и гражданских лиц — только еврейского населения.... С' 28 сентября 1941 г. и до момента ухода из лагеря всех находившихся в нем евреев в возрасте до 16 лет и свыше 35 лет ежедневно грузили на автомашины и вывозили из лагеря. Вскоре эти же машины возвращались обратно в лагерь без людей, а только с одеждой, которую складывали в отдельные помещения. Поэтому находившимся в лагере стало известно, что всех вывозимых на автомашинах везут не на работу, как это сначала пытались объяснить немцы, а на расстрел. Позднее эти предположения подтвердились вновь поступавшими в лагерь лицами, которые заявляли, что всех евреев вивозили из лагеря в «Бабий Яр» и там расстреливали».
Неправдоподібно стислий термін підготовки і проведення небувалої за масштабами страти величезної кількості міських жителів, переважно жінок, старих і дітей, став можливим завдяки тому, що вся акція від початку до кінця була спланована й розрахована до деталей заздалегідь.
Київ став першим великим містом, «вільним від євреїв». За переписом населення, який провела Київська міська управа, на 1 квітня 1942 р. у місті проживало 352139 осіб, з них українців — 281611, росіян — 50263, поляків — 7874, циганів — 40, євреїв — 20.
Після масових розстрілів у Києві ще залишалися тисячі євреїв, які не з'явилися на збірний пункт. Багато хто з них був у змішаних шлюбах, і їх рятували неєврейські родичі. Хтось намагався сховатися за допомогою сусідів, знайомих, діставали документи на інше ім'я. Родина священика А. Глаголєва врятувала багатьох євреїв, яким виписували фіктивні документи про хрещення і переховували їх на церковному, подвір'ї. Чимало людей допомагали євреям. Вони ризикували своїм життям і життям своїх родин. Причому подвигом і геройством вони це не вважали, просто допомагали своїм сусідам, знайомим, близьким, а часто-густо й зовсім незнайомим. І таких фактів дуже багато.
Лікар М. Євтухова працювала у клініці на бульварі Шевченка, де з початком Великої Вітчизняної війни був органі¬зований госпіталь. Коли до міста увійшли німці, вони з медсестрою два дні переписували реєстраційний журнал, називаючи поранених хворими і встановлювали їм діагнози, не пов'язані з пораненнями. Виписаних розподіляли по родинах для остаточного одужання. У її родині тривалий час переховували колегу-лікаря єврейку Куперман: увесь персонал лікарні по кілька місяців утримував її у себе по квартирах, рятуючи від розстрілу. Таким чином вона дочекалася звільнення міста і потім довго працювала в клініці. Багато єврейських дітей під вигаданими прізвищами жили в дитячих будинках. У дитячому будинку №1 по вул. Керосинній серед сотні малюків увесь період окупації знаходилися Ліда і Вова Пронічеви — діти акторки Київського лялькового театру Д. Пронічевої, однієї з небагатьох, хто врятувався з Бабиного Яру. В екстремальних умовах війни у переважний більшості українське на¬селення Києва зі співчуттям ставилося до долі євреїв.
У звільненому від євреїв Києві життя кращим не стало. За словами професора Київського лісогосподарського інституту І. Житова: «За расправой с евреями, примерно месяца через два-три, последовала такая же расправа с цьіганами. Два народа были «освобождены» от всего, в том числе и от жизни. Среди населення г. Киева, достаточно уяснившего себе соседство освободителей, после зтих собьітий сложилась поговорка: «немцам гут, евреям капут, циганам тоже, украинцам позже».
У місті був встановлений надзвичайний стан, строго регламентувалося життя людей, яким тільки у відведений час дозволялося перебувати на вулиці, а без спеціальних перепусток не виходити за межі міста, заборонялося надавати притулок людям, які не живуть у певній місцевості. Аби залякати людей, у місті розклеювали різні накази, за невиконання яких погрожували розстрілом. Заборонялося спухати радіо, тримати гопу тощо. Комендант міста К. Еберга; аби залякати жителів, наказав опублікувати кілька оголошень про розстріл заручників за акти саботажу: жовтня 1941 р. розстріляли 100, листопада 1941 р. — 300, 29 листопада 1941 р. —400 заручників. В оголошеннях вказувалося, що «кожен житель Києва віповідальний за кожний акт саботажу» і попереджалося, і за новий випадок підпалу чи саботажу буде розстріляно значно більш жителів міста. Багато заручників, які згадувалися у наказах Ебергар; розстріляні в Бабиному Яру.
Усі два роки фашистської окупації м. Києва до Бабиного Яру регулярно прибували криті машини з вул. Корленка, 33, — поліції безпеки та служби СД. Позбавляли життя вже незвжаючи на національність. Спершу розстрілювали. А починаючи з 1942 р. знищували тут же в газвагенах-душогубках. Розстріляли навіть пацієнтів психоневрологічної лікарні ім.Павлова. 14 жовтня 1941 р. — 308 ЄВреїв, 7 січня, 27 березня і 17 жовтн 1942 р. — всіх інших, понад 800 осіб їхні тіла поховані у Бабиному Яру.
У серпні 1943 р., коли радянські війська були неподалік Києва, окупанти взялися «замітати сліди». Роботи проводила спеціальна зондерксманда 1005А під загальним керівництвом того ж таки штандартенфюрер; СС П. Блобеля. Відкопувати і спалювати трупи примусили в'язнів Сирецького концтабору, які працювати з кайданами на ногах. Поводилися з ними вкрай жорстоко. Жили в'язні і землянках. 28 вересня 1943 р. в'язні склали останню піч для спалюванні тіл. Вони розуміли, що споруджують і для себе і вночі здійснили відчайдушну спробу втечі. З 326 ув'язнених живими залишилися лише 18.
Нині Бабиного Яру фактично не має, його зрівняли із землею. Тут проклали дороги й трасу метрополітену, побудували житлові квартали, розбили парк. Лише верхів'я урочища Бабин Яр у межах вулиць Дорогожицької, Мельникова, О. Теліги та Оранжерейної залишилося незабудованим — як місце трагедії світового масштабу, місце історичної пам'яті.
